一、調解不成可直接起訴
2003年3月1日施行的《農村土地承包法》第五十一條規定：“因土地承包經營發生糾紛的，雙方當事人可以協商解決，也可以請求村民委員會、鄉(鎮)人民政府等調解解決。當事人不愿協商、調解或者協商、調解不成的，可以向農村土地承包仲裁機構申請仲裁，也可以直接向人民法院起訴。”第五十二條規定：“當事人對農村土地承包仲裁機構的仲裁裁決不服的，可以在收到裁決書之日起三十日內向人民法院起訴。逾期不起訴的，裁決書即發生法律效力。”
從以上兩條規定看，土地承包法對因土地承包經營發生的糾紛沒有設定行政處理程序，該法規定的協商、調解、仲裁、起訴的程序，其中“起訴”是指民事訴訟，排除了行政訴訟的可能。
二、未得承包權可行政訴訟
雖然農村土地承包法對土地承包經營糾紛沒有設定行政處理程序，但2005年7月《最高人民法院關于審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》(下稱“解釋”)第一條第二款規定：“集體經濟組織成員因未實際取得土地承包經營權提起民事訴訟的，人民法院應當告知其向有關行政主管部門申請解決。”該規定為特殊情況下涉及農村土地承包糾紛設置了一個行政處理程序。據不完全了解，就目前情況而言，該規定的情形是因農村土地承包發生爭議比較多的一種。依此規定，集體經濟組織成員因未實際取得土地承包經營權而申請有關行政主管部門解決，有關行政主管部門未予解決或對解決結果不服向法院起訴的，法院就應當作為行政案件受理和審理。
農村土地承包法第二十三條規定：“縣級以上人民政府應當向承包方頒發土地承包經營權證或者林權證等證書，并登記造冊，確認土地承包經營權。”為落實該條規定，農業部于2003年11月頒布了《農村土地承包經營權證管理辦法》，對土地承包經營權證的申請、初審、審核、登記、發放等程序和權限都作了明確具體的規定，因此，土地承包當事人對相關地方人民政府關于土地承包經營權證的審查、登記、發放、收回、注銷等行政行為有異議向法院起訴的，法院應按行政案件受理和審理。
農村土地承包法實施以后，行政機關仍運用行政職權裁決處理土地承包經營糾紛而當事人向法院提起行政訴訟的，法院應以行政機關超越職權為由判決撤銷其所作出的行政行為;當事人因土地承包經營糾紛申請行政機關裁決，行政機關不予受理或者未作出行政裁決的(最高人民法院司法解釋規定的情形除外)，當事人向法院起訴行政機關不作為的，法院應以當事人的訴訟請求不成立為由判決駁回其訴訟請求。
三、土地承包糾紛和土地權屬爭議的區別
農村土地承包糾紛是指土地承包方與發包方之間在履行承包合同、承包經營權流轉或繼承以及侵犯承包經營權等方面發生的民事糾紛。農村土地承包法施行之后，處理土地承包經營糾紛已有了一套獨立的法定程序，土地承包經營法律關系已成為脫離其它土地法律關系的一種新的民事法律關系。土地權屬爭議是指單位與單位之間、個人與個人之間或者單位與個人之間，因土地所有權或者使用權的歸屬不清，各自都沒有合法有效的權屬證照憑證，而又主張權屬所引發的爭議。依據我國土地管理法的規定，土地權屬爭議的處理程序是：首先由當事人協商解決;協商不成的，申請人民政府處理;對人民政府的處理決定不服的，可依法向法院提起行政訴訟。
從土地承包法和土地管理法的相關規定看，土地承包糾紛和土地權屬爭議的主要區別在于：
1、是土地承包糾紛絕大多數為民事糾紛，體現的是民事法律關系特征，而土地權屬爭議大部分屬于行政爭議，更多地表現為行政法律關系;
2、是處理和審理土地承包糾紛案件要依照農村土地承包法規定的程序和民事訴訟法規定的程序進行，而處理和審理土地權屬爭議案件，則應依照土地管理法和行政訴訟法規定的程序進行;
3、是農村土地承包法對處理土地承包糾紛沒有規定行政處理程序，而土地管理法對處理土地權屬爭議則明確設置了行政處理程序;